1，所建網站缺乏個性且功能簡單。

2，不能隨意地編輯網頁模板。

3，由于建站、管理和維護工作必須在服務商的網站上完成，因此用戶的網站也被捆綁在該公司的服務器上，用戶網站不能自由地移植，限制了用戶自由選擇的權利。

4，網站沒有源文件,建好站后不可以隨意志換服務器空間,源碼不可以帶走。

5，不能靈活地擴展網站功能。

6，最主要的缺點：絕大部分的自助建站都沒有從營銷的角度來建設，而且速度慢等問題讓網站很難推廣。而且自助建站系統是非常不利于網站排名。一個采用自助建站系統建設的企業網站，即使被搜索引擎收錄了許多頁面，但是其排名也是非常落后的，達不到對公司產品的宣傳、推廣效果。